Серия № 5#01. "И снова дежа вю" ::
(Deja Vu All Over Again)
Никита возвращается в Первый отдел и сдает оружие. К ней подходит шеф и говорит, что не может отпустить ее в центр без совета. Он советует ей быть осторожнее с Джонсом, так как он не тот, каким кажется. Никита приходит домой и стрижет волосы, а потом отправляется в центр на совещание. Джонс спрашивает, почему она выбрала матричную структуру для организации, с которой не согласны все остальные. Первый отдел тем временем захватывает человека, который после пыток в белой комнате говорит, что знает о месте собрания Красной ячейки, и что базу убрали из Минска и перенесли в другое место. Джонс отправляет Никиту в Первый отдел на последнее задание – ей нужно будет еще раз поработать с Долматовым, чьим телохранителем она была во время работы на Первый отдел. Когда она возвращается, то шеф говорит ей, что она разрушила отдел – двое человек умерли, остальных она распределила в разные места. Сейчас ей и новому напарнику Марко О'Брайану предстоит отправиться в Северную Африку, где будет происходить встреча людей из Красной ячейки. Шеф начинает сомневаться в том, что Майкл на самом деле мертв, так как его видели вместе с Никитой до взрыва, и она отсутствовала несколько часов и вполне могла помочь ему скрыться. Он хочет, чтобы нашли доказательства того, что Майкл жив, так как Никита не смогла бы убить его. Никита готовится к операции и сталкивается с новичком Кристофом, который считает ее героем. Вместе с О'Брайаном она пробирается на территорию дома Долматова, которого охраняют несколько человек, и забирается в окно. Тот узнает Никиту, и она предлагает ему свои услуги телохранителя. О'Брайан тем временем пробирается через вентиляцию. Квинн сообщает шефу, что не была обнаружена ДНК трех человек, в том числе и Майкла, и шеф приказывает найти его и доставить к мистеру Джонсу вместе с Никитой. О'Брайан говорит Никите, что Пикет, с которым они должны встретиться, знает его, так как они сталкивались во время работы на отдел. Когда Пикет входит, Никита убивает его и говорит, что он узнал О'Брайана. Им нужен человек и латексные маски, и отдел присылает Кристофа. Его убивают и натягивают на него маску О'Брайана, а О'Брайан превращается в Пикета. Когда появляется Долматов, Никита говорит, что в его доме небезопасно. Вскоре прибывают люди Красной ячейки, Никита и О'Брайан уходят, и здание взрывается. Когда они возвращаются в Первый отдел, Джонс хочет поговорить с Никитой. Она докладывает, что задание выполнено, и что все мертвы. Но Джонс отвечает, что это не так – все члены Красной ячейки живы и продолжают свою работу. В доме Долматова были их двойники, которые и были уничтожены. Мистер Джонс говорит Никите, что ей предстоит на время вернуться в отдел и работать с шефом, быть его заместителем. Тогда Никита вызывает Вальтера и говорит, что намерена вернуть ему его старую должность. Вальтер спрашивает, почему, и Никита отвечает, что больше ей не к кому пойти. Она не хочет быть заместителем шефа, но не осмеливается спорить с Джонсом, поэтому ей нужен кто-то знакомый в отделе.

Серия № 5#03. "Прийти извне" ::
(In Through The Out Door)
В Первый отдел прибывает человек из надзора, которого не устраивает положение дел в отделе. Центр пока еще не назначит замену Джорджу, в отделе недостает людей, и недавнее задание по уничтожению подстанции не было выполнено. В это время неизвестный человек проникает в отдел, убивает охрану, а когда его начинают преследовать, он берет человека из надзора в заложники. Шеф вытаскивает пистолет и стреляет не в нарушителя, а в заложника, после чего говорит охране, что если кто-то скажет, что произошло на самом деле, будет устранен, и приказывает избавиться от тела. Никита приходит к Вальтеру и говорит, что защита на диске не ломается, и он тоже не может ее открыть, так как программу мог сломать только Биркофф. Она предполагает, что на диске может находиться какое-то сообщение от ее отца или от Майкла. У нее болит голова, она видит белые вспышки, но не может объяснить, откуда они. Когда Никита уходит, появляется Джейсон, и он говорит Вальтеру, что его прислали из Центра обследовать отдел. На совещании шеф говорит, что следующее задание будет в Черногории, где находятся торговцы биологическим оружием. Никита и О'Брайан получают у Вальтера снаряжение, прибывают на место, но когда Никите предстоит выстрелить транквилизатором в противника, она снова видит белые вспышки и промахивается. О'Брайан прикрывает ее, а шефу потом говорит, что патрон застрял. Затем он спрашивает Никиту, что с ней происходит, и она говорит, что видит. О'Брайан советует пойти к врачу, но Никита не хочет, чтобы об этом узнал шеф. Она идет к Джейсону и просит его расшифровать диск с данными, который нашла в доме перед взрывом. Сама же она следует за неизвестным до дома в пригороде, подбирается ближе и звонит в дверь. Ей открывает мужчина и спрашивает, хочет ли она кого-то видеть. Никита говорит, что нет, он пытается закрыть дверь, и тогда она угрожает полицией. Он говорит, что три года назад один парень привез сюда женщину, у которой были те же самые симптомы, что сейчас у Никиты, и она умерла. Никита звонит Вальтеру и просит отправить ей фото Майкла, и смотритель здравницы узнает его. Майкл привез сюда Эдриан, чье тело сейчас находится в склепе. Вальтер говорит О'Брайану, что у Никиты все симптомы процесса Гелмана, и ее состояние будет ухудшаться. Остановить процесс можно при помощи вакцины, но для этого нужно найти тело Эдриан. Ночью они пробираются в склеп и находят там тело, рядом с которым лежит странный коммуникатор, оставленный Майклом. Взяв образец, они уходят, а О'Брайан убивает человека, которого шеф послал шпионить за ним. Вернувшись в отдел, они делают Никите укол, и через два дня она должна встать на ноги. Но через несколько часов у нее задание, и Никита идет на совещание. Шеф отправляет их на завод в Киргизстане, где Никита должна будет установить взрыватель. Во время операции она снова видит вспышки, теряет зрение, а потом слышит голос, похожий на голос Майкла, доносящийся из коммуникатора. Она устанавливает взрыватель и успевает убежать, прежде чем завод взорвется. Когда они возвращаются в отдел, шеф снова спрашивает, почему произошла заминка, и О'Брайан снова отвечает, что оборудование было неисправным. Тогда шеф советует ему быть осторожнее с Никитой, так как она уничтожила Майкла, и следом уничтожит и его.

Серия № 5#05. "Человек за кулисами" ::
(The Man Behind The Curtain)
Мистер Джонс говорит Никите, что группировка "Черная луна" снова активизировалась, и ей предстоит пробраться во время операции на их территорию к тайнику на кладбище и забрать то, что там находится. Затем она возвращается в Первый отдел и рассказывает Вальтеру, что виделась с отцом, его зовут мистер Джонс, и он глава Центра. После совещания Никита говорит О'Брайану, что "Черная луна" не связана с Коллективом, и просит его прикрыть во время операции. Он соглашается, и на задании Никита говорит Квинн, что обнаружила тоннель, которого нет на карте, и она идет его исследовать. Квинн спрашивает, сколько времени ей потребуется, Никита отвечает, что семь минут. Отключив передатчик, она выходит из здания и направляется на кладбище, где находит тайник и забирает из него пластинку. Следом за ней появляются несколько человек, Никита прячется, а затем уходит. вернувшись назад, она приходит домой к мистеру Джонсу и отдает ему пластинку. Тот берет ее и говорит, что эта пластинка – зашифрованный диск, на котором находятся многие документы Первого отдела, которые доступны агентам восьмого уровня. Кто-то намеревался передать их противнику, и Никита отвечает, что О'Брайан не предатель, а еще допуск может быть у шефа. Он ненавидит Центр, но навряд ли стал бы передавать документы террористам. Джонс отправляет Никиту назад в отдел, чтобы она выяснила, кто является шпионом, и доложила ему. Никита спрашивает, зачем он дает ей такие задания, и мистер Джонс отвечает, что он поместил ее в отдел и смотрел, выживет ли она самостоятельно или нет. Тем временем в Коллективе его руководитель Графф и его помощник Халид получают очередное послание от шпиона, который помогает им. Графф говорит, что кто-то из отдела помогает им и передает данные. Их группу недавно уничтожили, и Графф с Халидом постоянно спорят. Никита говорит с О'Брайаном, сообщает, что смотрела его досье, так как ей надо писать рапорт о соответствии. Он предлагает ей поужинать вместе. Никита идет к Вальтеру и спрашивает, возможно ли такое, что поступивший приказ не был зафиксирован, и Вальтер говорит, что возможно, но маловероятно. Никита отвечает, что кто-то в отделе работает на два фронта, и ей предстоит выяснить, кто именно. Она возвращается к мистеру Джонсу и говорит, что пока не нашла предателя, и он говорит, что готовит ей место в отделе. Никита не хочет там оставаться на всю жизнь, и тогда Джонс отвечает, что и он тоже не хотел, но пришлось. Шеф отправляет группу на очередное задание, где их окружают силы Коллектива, Никита прячется за стеной, а потом отводит группу. Графф говорит Халиду, что он доверяет шпиону, кладет на стол таблетку цианида, которую проглотит кто-то из них, в зависимости от того, провалится следующая миссия или нет. Никита встречается с О'Брайаном, затем усыпляет его и обыскивает квартиру, где находит несколько зашифрованных дисков. Она приводит его в чувство и спрашивает, где он их взял и на кого работает, и О'Брайан говорит, что взломал систему банка и при помощи дисков снимает деньги, которые посылает своей матери. Никита возвращается к Джонсу и говорит, что О'Брайан не предатель, шпионом может оказаться и сам шеф. Джонс арестовывает его и отводит в камеру. Джонс берет управление на себя, отправляет группу на задание, где они должны будут взять живыми трех человек. На задании группа попадает в ловушку Коллектива, а О'Брайан погибает. Никита спрашивает отца, кто же тогда шпион, раз О'Брайан погиб, а шеф под арестом. Тот отвечает, что им может быть кто-то извне. Тем временем в Коллектив приходит информатор. Графф приказывает впустить его, и этим шпионом оказывается Майкл. Он готов и дальше поставлять информацию в обмен на то, что Никита останется в живых, остальной отдел может быть уничтожен, и Графф соглашается на это условие.

Серия № 5#07. "Больше некуда бежать" ::
(Let No Man Put Asunder)
Никита с группой возвращается с задания и ищет шефа. Квинн говорит ей, что задание провалено, а Вальтер советует отдохнуть. Никита идет в свою комнату, и на ее компьютере появляется Майкл. Он говорит, что сеанс связи будет длиться несколько секунд, и просит вернуть его назад в отдел. Никита говорит с мистером Джонсом, но тот скептически относится к этой идее и не уверен в том, что Майкл не переметнулся на сторону Коллектива. Майкл утверждает, что знает все планы Коллектива и это не ловушка, Первый отдел разваливается, а он бросает им спасательный круг. Никита встречается с Майклом и спрашивает, действительно ли он хочет вернуться в отдел. Он отвечает, что да, и Никита приводит его к шефу. Шеф говорит, что все изменилось, и теперь отделом руководят Джонс и Никита. Он также спрашивает Майкла, знал ли он, что Мик Стоппел – это не Джонс. Майкл отвечает, что не знал этого. Никита представляет Майкла отцу, и он говорит, что Коллектив намерен проникнуть на конференцию и убить делегатов. Он готов сорвать операцию, а потом уже поговорить о своем возвращении в отдел. На совещании Майкл рассказывает, что люди Коллектива намерены проникнуть через вход. На задании они убивают охрану противника, Графф и Халид понимают, что что-то не так. Майкл и Никита обезвреживают взрывчатку и возвращаются в Первый отдел, а Графф говорит, что у них произошла утечка информации. Они продолжают искать Адама, но ничего о нем не знают. Халид предлагает взломать базу данных отдела. Майкл идет к Джонсу и говорит, что выполнил свою часть плана, и теперь хочет знать, где находится Адам. Джонс рассказывает, что Елена погибла по вине пьяного водителя, и Адама поместили в приют, где он находится уже несколько месяцев. Он предупреждает, что если Майкл получит Адама, то Никита останется в отделе. Майкл говорит, что не согласен, так как у Никиты должен быть выбор. Квинн и шеф тем временем находят данные на Адама, и в этот момент файл просматривают Графф и Халид. Шеф спрашивает Квинн, кто еще может смотреть файлы, и понимает, что в системе есть кто-то еще. Он собирается найти Адама и доставить его в отдел. В это время Адам гуляет в парке и убегает за игрушкой прямиком в подземный гараж, где его поджидает человек Коллектива. Следом появляется шеф и уговаривает Адама пойти с ним, затем появляется Халид и стреляет в шефа, а потом забирает Адама. Джонс сообщает Никите, что Коллектив похитил Адама и убил шефа. Все остальные также узнают эту новость, Квинн говорит Вальтеру, что шеф ей нравился. Вальтер отвечает, что он боялся и ненавидел его, и однажды спас ему жизнь. Майкл говорит Никите, что должен узнать, что Коллектив хочет в обмен на Адама. Он приходит к Граффу, тот показывает ему Адама и говорит, что в обмен на мальчика хочет получить Джонса, и дает ему на это три дня.