1. Возрождение.
Старшеклассник Японской школы, Лайт Ягами, нашел некую тетрадь, которая называется: «Тетрадь смерти». На первых страницах этой тетради было написано, что человек, имя которого будет вписано в эту тетрадь, умрёт, умрёт через 40 секунд после написания от сердечного приступа или через некоторое время от смерти, которую тоже можно вписать в тетрадь. Лайт, конечно же, не поверил в написанное, но человеческий интерес заставил его попробовать. Увидев в новостях репортаж о преступнике, захватившем одну из школ, юноша вписал имя преступника в тетрадь смерти, и к его большому удивлению через 40 секунд в новостях объявили, что преступник скончался. После этого, для того чтобы окончательно убедиться в убийственном действии тетради, Лайт вписал в нее имя еще одного преступника, с которым вскоре произошел несчастный случай, как и было вписано в тетрадь Лайтом.
Через некоторое время Лайта посещает бог смерти Рюк, который является хозяином тетради смерти. Рюк рассказывает, что потерял тетрадь специально, чтобы развеять скуку, и тетрадь случайно попала в руки Лайта. На вопрос Рюка, почему Лайт за короткий период времени вписал в тетрадь большое количество людей, Лайт ответил, что он записывал только преступников, и будет записывать только их, чтобы полностью освободить мир от зла и насилия. Рюк оставляет тетрадь Лайту, но предупреждает, что тот, кто использует ее никогда не попадет ни в рай ни в ад.

2. Противостояние.
Идентичными смертями преступников мо всему миру заинтересовался Интерпол. На международном собрании криминальной полиции было принято решение найти того, кто стоит за всеми этими убийствами. Однако задание стояло не из легких, нужно было найти человека, который может убивать людей на расстоянии и которого никто в глаза не видел. Справится с такой задачей мог только секретный агент L, которого также никто никогда не видел. Связаться с агентом L можно было только через человека по имени Ватари(кто такой Ватари, никто тоже не знал).
В связи с происходящим, люди дали человеку убивающему преступников(т.е. Лайту)псевдоним Кира(от слова киллер). Тем временем Лайт узнает, что любой, кто прикоснется к тетради смерти сможет видеть Рюка, который теперь везде ходит с ним, и разумеется после смерти его будет ждать та же участь что и Лайта. Чтобы обезопасить своих родных и близких, Лайт кладет тетрадь в ящик своего стола, где имеется двойное дно. На случай, если тетрадь все-таки кто-нибудь найдет, Лайт ставит механизм самоуничтожения, который сожжет эту нечистую тетрадку.
Вскоре агент L выходит на экраны телевизоров в прямой эфир и объявляет о том, что он начинает охоту за человеком по имени Кира. Лайт решает избавиться от него и записывает его имя в тетрадь смерти. Но это была ошибка Лайта, потому что человек, которого он убил был подставным, а настоящий L все это время оставался в тени. Эта трансляция проходила только в Японии, поэтому L понял, что Кира находится в Японии. С этого момента оба никому не известных человека L и Кира начинают охоту друг за другом.

3. Сделка.
Пользуясь информацией, собранной полицией, о том, что смерть преступников наступает по будням с 16:00 до 22:00, а в выходные с 11:00, агент L делает ввод, что Кира является школьником. После этого агент L просит полицию узнать, находились ли лица и имена убитых преступников в средствах массовой информации, для того чтобы понять по какому принципу Кира убивает людей.
Оказывается, что отец Лайта является шефом японской полиции. Лайт, узнав от отца, что полиция серьезно взялась за дело с Кирой, залазит в его компьютер и узнает информацию по ведению дела. Лайту становится известно, что полиция догадывается, что Кира является школьником. Поэтому он решает изменить тактику убийств. Лайт вписывает вместе с именами преступников время их смерти так, чтобы они умирали каждый час на протяжении суток. После этого агент L догадывается, что Кира знает о ведении дела, и предполагает, что Кира это кто-то из полиции или из их родственников.
Находясь постоянно рядом с Лайтом, Рюк замечает, что за ним уже какое-то время ведется слежка. Рюк рассказывает Лайту, что может, взглянув на человека, узнать его имя и количество времени до его смерти, но так бог смерти не находится ни на стороне Лайта ни агент L, он не может назвать имя человека, следящего за Лайтом. Однако Рюк предлагает Лайту сделку, которая заключается в том, чтобы дать Лайту возможность видеть имена других людей, но цена этой сделки – половина жизни Лайта.

7. Пасмурное небо.
Лайт продолжает разговаривать с девушкой, убитого ним Рея, по делу Киры. Ягами понимает, что девушка слишком много знает о Кире, и если она расскажет об этом полиции, то Лайта сразу же вычислят. Поэтому он решает убрать не нужную свидетельницу. Ягами записывает имя девушки на лист бумаги, вырванный из тетради смерти. Однако спустя 40 секунд и более, девушка не умерла, что, конечно же, удивило Лайта. Но вскоре Лайт догадался, что девушка, в целях осторожности, назвала чужое имя. Этому свидетельствовал смех Рюка в те моменты, когда девушка называла свое имя и когда Лайт записывал это имя в тетрадь смерти, ведь Рюк знал, что это не настоящее ее имя. Даже после этого Лайт отказывается получить глаза как у бога смерти.
Тем временем, продолжается встреча полиции с агентом L. К ним присоединяется Ватари, который так же показывает свое лицо. Он приносит полицейским новые удостоверения, на случай если они предъявят их Кире, и он захочет их убить. Так же он вручает полицейским пояса со встроенным передатчиком для экстренной связи с Ватари.
Лайт очень обеспокоен тем, что он не знает имя этой девушки. Однако ему в голову приходит идея. Ягами говорит девушке, что он тоже является агентом и участвует в дело Киры. Он предлагает и девушке покойного Рея присоединится в ряды агентов по поимке Киры. Для этого, Лайт просит дать ему какой-нибудь документ, чтобы проверить ее данные. Девушка принимает предложение Лайта и дает ему свое водительское удостоверение. После чего, Лайт представляется Кирой.

8. Наблюдение.
Просматривая видеозаписи последних часов жизни Рея, Рюзаки заметил, что Рей заходил в поезд с каким-то конвертом, а выйдя из поезда – конверта у него не было. Агент L предполагает, что Рей встречался в поезде с Кирой и неизвестный конверт взял тоже Кира. Затем полицейские узнают о том, что невеста Рея исчезла на следующий день после смерти Рея. Рюзаки считает, что ее пропажа тоже дело рук Киры. В связи с этим, агент L делает вывод, что Кира это кто-то из семей полицейских, за которыми следил Рей. А успел он проследить только за семьями Ягами и Китамуро. Для проверки этих семей, Рюзаки предлагает установить в их домах камеры наблюдения.
Придя домой после школы, Лайт замечает, что в его отсутствие, в его комнате кто-то был. Младший Ягами начинает подозревать, что за его домом установили наблюдение, поэтому он просит Рюка проверить свои подозрения, и они оказываются верными – в доме Ягами установлено 64 камеры. Узнав об этом, Лайт ведет себя как обычный школьник, сидит в своей комнате и готовится к экзаменам в школе. Но всё-таки ему удается записывать в тетрадь смерти имена преступников, которые он узнает из маленького телевизора, купленного специально для такого случая, но не привлекая внимания, следящего за ним агента L.

9. Встреча.
Не заметив ничего подозрительного в семьях полицейских, Рюзаки снимает наблюдение с их домов. Однако это не значит, что он снял с них подозрения.
Лайт отправляется в институт, для сдачи вступительных экзаменов. Среди большого количества абитуриентов, Ягами замечает какого-то странного парня, который сидит на стуле, поджав под себя ноги. Этим парнем был Рюзаки, который также сдавал вступительные экзамены. После экзаменов, двух студентов, которые лучше всех написали экзамен, приглашают на трибуну для провозглашения речи. Этими студентами оказываются Ягами Лайт и Рюзаки, который был представлен под именем Рюуга Хидеки. После речи, Рюзаки подсаживается к Лайту и представляется как агент L, и просит Ягами помочь в деле с Кирой. Такой поворот событий очень шокирует Лайта, но он не подает такого вида. Лайт понимает, что агент L подозревает его и провоцирует сделать какой-нибудь неверный шаг. Поэтому он не может убить агента L, потому что выдаст себя, кроме того имя Рюуга Хидеки, которым представился L, было не настоящим, это было имя известного певца. Но Лайт понимает, что у L ничего нет на него, кроме только подозрений, поэтому он принимает его предложение дружбы, для того чтобы следить друг за другом.

13. Исповедь.
В руки полиции попадает новое послание от второго Киры. На этот раз это лист вырванный из дневника, в котором записаны действия в разных местах и в разные дни месяца. Это зашифрованное послание для первого Киры, поэтому все, кроме Лайта, не понимают о чем идет речь, но все прекрасно понимают, что Кира №2 предлагает встретится с Кирой №1, в те дни и в тех местах которые написаны в дневнике. Поэтому Рюзаки командует установить в тех местах побольше камер и послать полицейских, под видом в гражданских. В одно из таких мест просится и Лайт вместе с другим полицейским по имени Мацуда. Рюзаки соглашается, но просит Мацуда внимательно следить за Лайтом.
Обладателю тетради не дано видеть время смерти второго обладателя, только его имя. Таким образом Миса распознает Лайта среди толпы его друзей. Найдя имя Лайт Ягами в интернете, Миса узнает его домашний адрес и приходит к нему домой. Пообщавшись с девушкой, Лайт понимает, что она не такая уж и глупая, как казалось ему по посланиям. Ягами понимает, что девушка полностью ему доверяет и будет слушаться во всем. Все это благодаря тому, что Кира год назад убил грабителя, который при ограблении убил родителей Мисы. Лайт говорит, что они теперь будут творить добро вместе, особенно с ее глазами бога смерти.

14. Друг.
Лайт, по просьбе Мисы, показывает ей своего бога смерти. Затем Ягами просит Мису отправить полиции еще одно послание, на этот раз последнее. Миса, которая по уши влюбилась в Лайта, настаивает на том, чтобы он называл ее своей девушкой. После согласия Лайта, Миса требует встречаться хотя бы раз в неделю. Ягами пытается объяснить глупой девочке, что это не возможно при сложившихся обстоятельствах, и напоминает ей, что ее тетрадь смерти находится у него, и он в любой момент может убить ее, если она перестанет слушаться. Но тут за Мису неожиданно вступается Рем, которая говорит, что убьёт Ягами, если он попытается убить Мису. Рем за последнее время очень прикипела к этой девочке.
Полиция получает послание Мисы. Рюзаки, из послания, понимает, что оба Киры встретились и теперь будут действовать вместе. Подозрения Рюзаки на счет того, что Кира это Лайт – существенно уменьшились, после чего называет Лайта своим другом, что очень удивляет Лайта.
Возвращаясь домой, Лайт встречает Мису, которая приходит к нему, потому что соскучилась. Поняв, что Рем готова на все ради того чтобы Миса была счастлива, Лайт просит ее убить агента L, который мешает быть вместе ему и Мисе. Рем соглашается помочь.

15. Риск.
В пакетах, в которых Кира присылал свои послания, Рюзаки находит волосы и частицы ткани и отправляет их на экспертизу. Еще, если Рюзаки умрет в ближайшие дни, то он просит считать Лайта Кирой. Сам Лайт в это время думает, когда и как показать агента L Рем, чтобы она смогла прочитать его имя и убить.
Прогуливаясь после лекций, Лайт встречает Рюзаки, который вышел развеяться и повидаться с другом. Вскоре к Лайту подбегает Миса, у которой неподалеку проходит фото-сессия. Ягами, по началу, очень разозлился на Мису, но потом понял, что ему наоборот повезло, ведь Миса прочитала настоящее имя Рюзаки. Лайт оставляет Рюзаки с целью позвонить Мисе, которая убежала на фото-студию, и узнать настоящее имя агента L, но это ему сделать не удается – Рюзаки сообщает Лайту, что Миса задержана по подозрению в том, что она Кира №2. Волосы и частицы ткани, такие же, как в пакетах присланных Кирой, были найдены в доме у Мисы.
Не поддаваясь допросам полиции, на третий день, Миса начала просить убить ее. Полиция не понимала, кого она об этом просит, ведь, находящуюся рядом с Мисой, Рем никто не мог видеть. Не желая убивать Мису, Рем отправляется к Лайту и берет с него обещание помочь Мисе, после того как она откажется от владения тетрадью. После отказа от владения тетрадью смерти, Миса забывает все то, что с ней связано, но остается жива.

19. Мацуда.
Мацуда, находясь рядом с Мисой на одной из ее съемок, заметил, что они находятся рядом со зданием компании «Яцуба». Мацуда устал от того что к нему все не серьёзно относятся, и решил доказать своим коллегам и себе, что он чего стоит. Он отправился в здание компании «Яцуба», чтобы добыть какую-нибудь информацию о Кире. Мацуде удалось пробраться незамеченным в здание и добраться до тайного собрания глав компании, где он слышит о их связях с Кирой. Но на этом этапе его присутствие становится замеченным. Мацуда представляется как Мацуи, менеджер Аманэ Мисы, и предлагает ее кандидатуру для рекламы компании «Яцуба». Параллельно, Мацуда сообщает Рюзаки, что он находится в беде, и тот придумывает как спасти своего неопытного коллегу. Поскольку Мацуду скорее всего собираются убить, Рюзаки предлагает умереть ему первым. Тогда Мацуда, притворившись пьяным, вываливается из окна и якобы разбивается на смерть, на самом деле приземляясь этажом ниже. Но для глаз недоброжелателей, он погибает, избавляя их от ненужного свидетеля.
Тем временем один из глав компании обращается к одному из лучших сыщиков мира – Эральду Койлу для того, чтобы он узнал кто такой агент L. Но для несчастья заказчика, Эральд Койл это один из псевдонимов самого агента L.

20. Замена.
Установив в кабинете тайных собраний руководства компании «Яцуба» камеры видеонаблюдения, команде по расследованию дела Киры становиться известно, что семеро руководителей компании собираются убить несколько человек из конкурирующих компаний прибегая к помощи Киры. Однако кто из них Кира, никому неизвестно, даже шестерым из этой семерки. Тогда чтобы избежать смертей этих людей, первые из которых должны будут умереть уже через несколько дней, Лайт звонит одному из семерых управляющих компании по имени Намикава Рэйдзи, сидящих за столом переговоров, и представляется как агент L. Ягами просит его сотрудничать с ним и тогда он не попадет за решетку. Лайт просит Намикаву отсрочить убийство конкурентов на один месяц. Рэдзи убедительно предлагает это на собрании, и его поддерживают. За этот месяц расследующая команда надеется узнать кто из управляющих «Яцубы» есть Кира.
Рюзаки, в случае его смерти, предлагает Лайту занять место агента L. Но Ягами раскусывает хитрость Рюзаки, который предложил это в целях проверки его на причастность к Кире, Лайта это обижает и он снова бьет Рюзаки по лицу. Успокоив свои эмоции, Лайт и Рюзаки отправляются к Мисе, и Рюзаки просит ее помочь в деле Киры. Он хочет, чтобы Миса отправилась в компанию «Яцуба» и снялась в ее рекламе. Пока Аманэ будет там, он надеться, что Кира выдаст себя, потому что будет расспрашивать ее про агента L, у которого Миса долгое время была подозреваемой.

21. Представление.
Руководство компании «Яцуба» приглашает Мису к себе на собеседование, где главным вопросом у руководства была встреча Мисы с агентом L. В здании компании, Миса встречается с Рем, которая прикоснулась к Аманэ листочком бумаги, вырванным из тетради смерти. Рем это делает для того, чтобы рассказать об опасности, которая ждет Мису в этом здании. После отказа от тетради смерти, Миса утратила все воспоминания связанные с ней, поэтому Рем освежает их и рассказывает Мисе о том, что Аманэ и Лайт были Кирами до того как отказались от своих тетрадей. Затем Рем указывает Мисе на Хигути Кеске – нового обладателя тетради смерти и нового Киру.
Миса решает помочь Лайту в расследовании и отправляется на свидание с Хигути. Аманэ говорит Кеске, что она является вторым Кирой и очень хочет познакомиться с первым, чтобы выйти за него замуж. Такой расклад очень подходит Хигути, который и до этого собирался жениться на Мисе, поэтому он признается в том, что он является настоящим Кирой. В доказательство того, что Миса это Кира №2, она пишет на листе бумаги имя человека, на которого указал Хигути. Этот человек умирает, не от руки Мисы, а от руки Рем, которая взялась помочь Аманэ. В доказательство того, что Хигути настоящий Кира, он, по просьбе Мисы, прекратит убивать людей, и возобновит убийства, когда она ему скажет. Запись их разговора, с доказательством того, что Хигути Кеске – Кира, Миса приносит в штаб-квартиру по расследованию.

25. Тишина.
Рюзаки продолжает расследование по делу Киры. Он изучает тетрадь смерти и пытается узнать у Рем какие-то детали по ее использованию, но Рем ничего нового, кроме того что написано в инструкции, не дает. Рюзаки настораживает то, что Лайт не покидает штаб-квартиру, не смотря на то, что с него сняты все подозрения. Тем временем становится известно о гибели новых преступников, которых убивает Миса. Рюзаки убеждается в том, что где-то есть еще одна тетрадь смерти, и снова начинает подозревать Мису и Лайта, но никому об этом не говорит. Агент L собирается проверить действие тетради и записать в нее имя преступника, но сделать это рукой другого преступника. Таким образом Рюзаки хочет проверить правдивость написанного в тетради предостережения о том, что если 13 дней никого не записывать в тетрадь, то владелец тетради умрет. Однако во время подготовки этого плана, Рем убивает сначала Ватари, а потом и Рюзаки. Делает она это, потому что Мисе грозит разоблачение и высшая мера наказания. После смерти Рюзаки, Рем превращается в прах, а Лайт присваивает ее тетрадь смерти себе. Над телом Рюзаки, Лайт обещает найти Киру и отомстить ему, а про себя радуется своей победе.

26. Реинкарнация.
Ватари и Рюзаки мертвы. Лайт на компьютере Рюзаки подчищает информацию, которую тому удалось собрать за время расследования. Команда по расследованию дела Киры в растерянности – они не знают как им быть дальше, но прекращать поиски Киры они не собираются. Пытаясь найти какую-то информацию о своих погибших союзниках, ребята узнают, что Ватари был гениальным изобретателем и на деньги от продажи своих патентов строил детские дома.
На место агента L единогласно было решено поставить Лайта, чему он безусловно был рад. Лайт просит своего отца снять ему квартиру, где он будет вести расследование и она же будет их новой штаб-квартирой. В эту квартиру Лайт приглашает Мису для совместной жизни. Затем Лайт снова всерьез берется убивать преступников, среди которых присутствуют все управляющие компанией «Яцуба», а также оказывавшие помощь в расследовании Уэди и Айбер.
С того момента как Ягами Лайт стал на место агента L интенсивность убийств Киры возросла. Постепенно мир разделился на тех, кто живет в страхе перед Кирой и тех, кто тайно им восхищается. Затем в мире появились страны, которые признали действия Киры и мир стал входить в темную эру, где Кира есть закон.

27. Похищение.
В одном из детских приютов у Рюзаки находятся два приемника Мэлло и Ниа. На случай смерти агента L кто-то из них должен стать на его место. Мэлло уступает место агента L Ниа, а сам покидает приют. Три года Ниа независимо расследовал дело Киры, после чего нанес визит президенту США и уведомил его в том, что агент L, который работает в настоящее время, был создан полицией Японии, а настоящий L уже давно мертв. Тогда в США была создана новая организация противостоящая Кире, без каких-либо связей с L, ее назвали СПК – секретные противники Киры. Руководителем СПК стал Ниа.
Команде по борьбе с Кирой в Японии сообщают, что шефа японской полиции похитили и за его освобождение требуют тетрадь смерти. Похитителем оказывается банда, в которой присутствует второй наследник агента L Мэлло, который знает о существовании двух тетрадей смерти и жаждет их заполучить. Лайт решает убить шефа полиции, чтобы тот не рассказал лишнего. После смерти заложника, Мэлло похищает Саю, младшую сестру Лайта.
После похищения Саи, Ниа выходит на связь с Лайтом и рассказывает ему о существовании новой организации СПК, а также о том, что ему известно о смерти настоящего агента L. Ниа представляется Лайту под именем N.

31. Обмен.
Ниа догадывается, что нападение на их штаб это дело рук Киры, и еще больше убеждается в том, что Кара один из японской команды по расследованию. Чтобы выбраться из здания Ниа применяет хитрый план. С крыши здания он сбрасывает огромное количество денежных купюр, и воспользовавшись замешательством людей, с остальными членами СПК, переодевшись в полицейскую форму, выходит наружу. Перебравшись в новую штаб-квартиру, Ниа связывается с Лайтом и говорит, что произошедшее еще больше подтверждает то, что Кира находится среди них. Еще он напоминает о том, что ждет звонков от остальных членов японской команды для беседы по делу Киры. Позвонит решается Аидзава.
Поговорив с Аидзавой, Ниа догадывается, что человек, который выдает себя за L и которого N считает Кирой это Ягами Лайт. Аидзава же после разговора с N решает еще раз проверить Лайта и провести у него дома обыск. Обыск никаких результатов не дает. Все это, потому что Лайт готовился к таким событиям и поэтому заранее велел Мисе отказаться от тетради, после чего передал ее одному из поклонников Киры – Миками Теру, который в данный момент исполняет обязанности Киры и продолжает убивать преступников, отводя от Лайта и Мисы подозрения.

32. Выбор.
Лайт не ошибся, выбрав на место Киры Миками Теру. Миками еще с младшей школы знал, что люди делятся на злых и добрых, и с самого детства он боролся за справедливость, заступаясь за слабых детей защищая их от сильных и злых. То же продолжалось в и старшей школе и в институте. Поэтому Миками становиться прокурором, чтобы карать злых людей и бороться за справедливость. Узнав о появлении Киры Миками очень обрадовался, и с того момента мечтал с ним познакомится, поэтому и начал ходить на шоу-программы, посвященные Кире. Получив от Киры тетрадь смерти, Теру с радостью берется записывать в нее имена преступников, тем самым восстанавливая справедливость.
Лайт планирует связаться с Миками, и для этого ему представляется хорошая возможность – Такада Киёми, бывшая однокурсница и девушка Ягами, ведет телепередачу о Кире, и поэтому она должна с ним контактировать. Лайт звонит Такаде и просит о встрече с ней. От этой встречи и Ягами и полицейские ждут новой информации о Кире, но у каждого из них свои мотивы. Во время их встречи, Миками звонит Такаде и она передает трубку Лайту. Лайт дает понять Миками, что это он передал ему тетрадь, но не называет своего имени и просит, чтобы тот не пытался его узнать. После этого Лайт признается Такаде в том, что Кира это он.

33. Насмешка.
Ниа со своей командой прибывает в Японию, о чем он сообщает и Лайту. Ниа говорит Ягами, что ему известно о том, что Лайт вошел в контакт с Такадой, которая является доверенным лицом Киры, поэтому Ниа просит Лайта, чтобы он сообщил Такаде о прибытии СПК в Японию и о том, что в ее составе находится четыре человека. Узнав об этом, Кира попытается их убить и чем-нибудь себя выдаст, предполагает Ниа. После чего внедряет в охрану Такады своего агента.
Предполагая, что Лайт это Кира, Ниа догадывается, что Такада является связным звеном между Лайтом и тем, у кого сейчас находится тетрадь смерти и кто записывает в нее имена преступников. Проанализировав возможных приемников Киры, Ниа останавливается на Миками и думает, что именно он сейчас пользуется тетрадью, исполняя обязанности Киры. В связи с этим Ниа устанавливает за ним слежку.
Выполняя указания Лайта, Такада звонит к Миками и просит его прислать ей пять чистых листов из тетради смерти. После того как она получит листы, Миками должен продолжать вносить имена преступников, но уже в поддельную тетрадь.
В метро, Миками замечает, как хулиган цепляется к девушке. Он решает убрать его и, достав тетрадь, записывает его имя, после чего хулиган умирает. Это замечает агент, следящий за Миками, и сообщает об этом Ниа.